시스템생물학실험1
수강생들로 하여금 세균을 분리하여 동정하고, 분리된 세균들의 세균들의 생리학적 특성을 조사하는 한편, 여러 환경에 존재하는 metagenome을 찾아 그들의 특성을 조사하개함과 동시에 세균의 분리와 동정, 세균의 배양법과 생리적 특성조사법, metagenome screening 및 클로닝 방법, DNA 염기서열 분석 및 해석법에대한 지식과 기술을 습득할 수 있도록 한다.
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1주 |
Introduction |
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2주 |
Isolation of bacteria from soil |
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3주 |
Morphological, physiological and biochemical characterization of isolated bacteria |
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4주 |
Effedct of environmental factors on the growth of isolated bacteria |
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5주 |
Classification of isolated bacteria |
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6주 |
Metagenome screening |
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7주 |
Analysis of sequencing data |
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8주 |
Mid term examination |
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9주 |
Cloning of TNF-a or XIAP into bacterial expression vector (1) |
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10주 |
Cloning of TNF-a or XIAP into bacterial expression vector (2) |
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11주 |
Transformation of competent bacterial cells |
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12주 |
Minipreparation of plasmid DNA |
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13주 |
Transformation of competent BL21 cells |
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14주 |
Expression of recombinant protein and quantitation of expressed protein |
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15주 |
SDS-polyacrylamide gel electrophoresis and protein staining |
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16주 |
Final exmination |
시스템생물학실험2
(First part) Cell biology experimental techniques including apoptosis, Western Blotting, and proteomics techniques (Second part) Focuses on preparation of neurological disease-related models and examination tools including neuronal cell culture, immunocytochemical staining, microscopic examination and cell death-related assays
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1주 |
Introduction |
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2주 |
Cell culture and TNF-alpha treatment |
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3주 |
Measurement of Cell viability (MTT assay) |
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4주 |
Subcellular organelle fractionation, protein quantification. |
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5주 |
SDS-PAGE and Western blotting ; Identification of proteins in TNF-alpha signaling pathway |
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6주 |
2-dimensional electrophoresis ; Identification of proteins in TNF-alpha signaling pathway |
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7주 |
MALDI MS and identification of proteins |
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8주 |
Neuronal cell culture and related techniques |
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9주 |
Cloning of TNF-a or XIAP into bacterial expression vector (1) |
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10주 |
Establishment of neuronal cell death model and evaluation of neuronal cell death : emphasis on mitochondrial potential, calcium and reactive oxygen species |
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11주 |
Establishment of animal model of neurological diseases including Parkinson`s disease |
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12주 |
Surgical procedure of animal model of Parkinson`s disease |
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13주 |
Cryosection of animal model |
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14주 |
Immunohistochemical staining of animal model |
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15주 |
Discussion of the whole procedures |
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16주 |
Evaluation |
시스템생물학실험3
1) 식물의 발달 등에 관련된 유전자들을 식물체에 도입하여 유전자 변형 식물체를 직접 만들어 봄으로서 유전자의 증폭과 클로닝, 식물체 형질전환 등의 다양한 분자생물학 실험의 원리와 기술을 익히고 돌연변이체와 유전자 변형 식물체 들의 유용성에 대해 알아본다. 2) 단백질의 결정구조 규명 실험을 간략하게 직접 체험하고자 한다. 구조를 규명하고 자하는 타겟 단백질을 박테리아 발현 시스템을 사용하여 과발현하고 분리 정제한다. 이 단백질을 농축한 후 crystal screening 과정을 거쳐서 결정조건을 정하고 단백질 결정을 얻는다. 이 단백질 결정으로부터 X-ray diffraction data를 수집하고 MR방법으로 결정 구조를 규명한다.
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1주 |
PCR을 이용한 유전자의 증폭 |
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2주 |
유전자의 클로닝 |
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3주 |
클로닝된 유전자의 염기서열 확인 |
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4주 |
유전자의 클로닝 |
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5주 |
유전자의 클로닝 |
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6주 |
유전자의 클로닝 |
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7주 |
클로닝된 유전자를 식물체에 도입 |
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8주 |
클로닝된 유전자를 식물체에 도입 |
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9주 |
클로닝된 유전자를 식물체에 도입 |
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10주 |
X-ray crystallography introduction 및 박테리아를 이용한 단백질의 발현 |
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11주 |
단백질의 순수분리 및 전기영동 |
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12주 |
단백질 결정화 |
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13주 |
단백질 결정의 회절 데이터 수집 및 분석 |
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14주 |
유전자 도입 식물체의 표현형 분석 |
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15주 |
유전자 도입 식물체의 표현형 분석 |
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16주 |
기말고사 |