개시된 발명의 일 실시예에 따른 바이너리 코드 표상 학습 시스템은, 제1 플랫폼에 따른 제1 학습용 바이너리 코드 및 제2 플랫폼에 따른 제2 학습용 바이너리 코드를 입력 받도록 구성되는 데이터 입력부; 상기 제1 학습용 바이너리 코드에 포함된 소프트웨어 명령어인 복수개의 제1 인스트럭션 블록 및 상기 제1 인스트럭션 블록들의 연결 관계를 나타내는 제1 브랜치들로 구성되는 제1 컨트롤 플로우 그래프를 생성하고, 상기 제2 학습용 바이너리 코드에 포함된 소프트웨어 명령어인 복수개의 제2 인스트럭션 블록 및 상기 제2 인스트럭션 블록들의 연결 관계를 나타내는 제2 브랜치들로 구성되는 제2 컨트롤 플로우 그래프를 생성하도록 구성되는 그래프 생성부; 및 상기 제1 컨트롤 플로우 그래프의 구조 및 상기 제2 컨트롤 플로우 그래프의 구조를 기초로, 상기 제1 인스트럭션 블록 및 상기 제2 인스트럭션 블록 중에서 서로 유사한 기능을 수행하는 블록들의 벡터가 임베딩 공간에서 서로 가까워지게 GNN 모델을 학습하도록 구성되는 기계학습부를 포함할 수 있다.