본 발명은 KLK5, KLK7, CSTB, UBE2V2, TMSB10 또는 PI3을 유효성분으로 포함하는 쇼그렌 증후군 진단용 바이오마커 조성물에 관한 것으로서, 구체적으로, 쇼그렌 증후군의 진단을 위해서 타액 액체 생검을 통해 타액에서 단백질을 검출하고, 타액선 조직 생검을 통해 조직 유래 오가노이드 내 유전자 발현을 확인하여, 쇼그렌 환자에서 증가하는 바이오마커인 KLK5, KLK7, CSTB, UBE2V2, TMSB10 또는 PI3를 쇼그렌 증후군 특이적 바이오마커로 동정하였다. 이에, 본 발명의 KLK5, KLK7, CSTB, UBE2V2, TMSB10 또는 PI3는 쇼그렌 증후군의 진단에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 예상된다.