본 발명은 엔테로코커스 패칼리스 (Enterococcus faecalis )를 유효성분으로 포함하는 지방간 예방 또는 치료용 조성물에 관한 것으로, 구체적으로 엔테로코커스 패칼리스 EF-2001 사균체가 고지방식이로 지방간이 유도된 실험동물의 지방간 및 간 손상을 억제하고, TG 지질 축적을 감소시키며, 중성 지질 방울 생성을 억제하고, 리파아제 효소 단백질 발현을 증가시키며, ATGL 및 MGL과 같은 리파아제 효소의 활성화를 유도하고, AMPK 인산화를 증가시키며, 이를 통한 SREBP-1c 신호 전달 경로를 억제하는 효과가 있음을 확인하였으므로, 상기 엔테로코커스 패칼리스, 이의 배양액 또는 이의 사균체는 지방간 예방 또는 치료용 약학적 조성물로 매우 유용하게 사용될 수 있다.