본 발명은 하나 이상의 분류 조작 단위 (OTUs)에 상응하는 여성 생식기 내 위치별 다양한 마이크로바이옴의 상대 존재비(relative abundance)를 측정함으로써, 조기에 자궁내막증을 진단할 수 있다. 또한, 여성 생식기 복강 내 타우에라 클로로벤조이카(Thauera chlorobenzoica) 균주의 활성 또는 증식 억제를 유도함으로써 여성 생식기 복강 내 미생물 군집 조성을 균형있게 유지하는 효과가 있으므로 자궁내막증의 예방과 치료에 유용하게 사용될 수 있다.