본 발명은 크로노박터 사카자키 생균을 감염하는 유전체 재설계 생물발광 박테리오파지 및 그 용도에 관한 것으로, 보다 상세하게는, 본 발명은 유전체 재설계를 통해 리포터 유전자를 도입하고 용균 활성을 낮춘 파지를 이용하여 크로노박터 사카자키 생균을 강하고 안정한 생물발광 신호로 검출함으로써 식품 원재료, 가공식품, 식품 가공 공정 설비 및 환경, 식품조리도구, 물 등에서 크로노박터 사카자키의 생균을 선택적, 효과적으로 신속하면서 간편하게 검출할 수 있다.