본 발명은 데이터베이스 및 연산기능을 가진 제어서버에 의해 수행되는, 기계학습 기반의 녹조발생 예측시스템으로서, 예측 대상지역의 환경 데이터(D)를 취득하는 데이터 취득부(110) 및 취득된 원 데이터를 전처리하고, 훈련-검증 데이터세트로 분리하는 데이터 분리부(120)가 구비된 데이터 관리부(100); 일 훈련-검증 데이터세트(D1)를 기 설정된 복수의 기계학습 모델(Models)에 적용하는 데이터세트 적용부(210) 및 기계학습 모델의 성능을 평가하는 성능 평가부(220)를 통해, 상기 복수의 기계학습 모델(Models)에서 적어도 하나의 후보모델(M1)을 선정하는 후보모델 선정부(200); 원 데이터로부터 추출된 복수의 타 훈련-검증 데이터세트(D2)를 상기 후보모델(M1)에 적용하여 적정 훈련-검증 데이터세트(D3)를 선정하고, 적정 훈련-검증 데이터세트(D3)를 적용하여 적어도 하나의 적정 모델(M2)을 생성하는 적정모델 선정부(300); 상기 적정모델(M2)에 테스트 데이터세트를 적용하는 데이터세트 적용부(410) 및 상기 적정모델(M2)의 성능을 평가하여 적어도 하나의 최종모델(M3)을 결정하는 최종모델 결정부(400); 및 상기 최종모델(M3)에 실제 데이터세트를 적용하여 남세균 데이터를 예측하는 녹조발생 예측부(500)를 포함한다.