가상 의료 영상의 객체 지시를 위한 인디케이터(indicator)를 식별하여 마커(marker)를 제공하는 증강 현실 기반 원격 의료 시스템 및 그의 제어 방법 및 프로그램에 관한 것으로, 실시간 공간 영상에 환자의 의료 정보가 출력되도록 증강 현실 기반의 가상 의료 영상을 제공하는 디스플레이부, 상기 가상 의료 영상의 객체를 지시하는 인디케이터, 상기 인디케이터를 포함한 실시간 공간 영상을 획득하는 카메라부, 그리고 상기 디스플레이부 및 카메라부를 제어하는 제어부를 포함하고, 상기 제어부는, 상기 인디케이터를 포함한 실시간 공간 영상으로부터 상기 인디케이터를 식별하고, 상기 인디케이터에 상응하는 마커를 생성하며, 상기 실시간 공간 영상에서의 인디케이터 좌표를 산출하고, 상기 산출된 좌표를 기반으로 상기 생성한 마커를 상기 가상 의료 영상에 오버랩(overlap)하여 표시하도록 상기 디스플레이부를 제어하며, 상기 가상 의료 영상에 오버랩된 마커가 상기 가상 의료 영상의 특정 객체를 선택하도록 보정하는 것을 특징으로 한다.