본 발명에서는 GWAS를 사용하여 관상동맥과 연관된 유전적 변이와 eQTL을 사용하여 해당하는 마커를 식별하고자 하였으며, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 SNP 바이오 마커 조성물, 키트 및 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법을 제공한다. 구체적으로 심혈관 위험도가 높지만 관상동맥이 정상이거나, 관상동맥 질환이 있는 남성(대조군)을 대상으로 바이오마커를 식별한 결과, 10개의 독립적인 유전좌위를 확인하였다. 본 발명의 바이오마커는 관상동맥 질환 발병으로부터 보호되는 유전적 좌위를 시사하는 바, 개인별 맞춤 의약을 제공할 수 있다.