구조조명 현미경 시스템은 레이저 광원부로부터 조사되는 레이저 빔을 반사시키는 DMD(Digital Micromirror Device); 상기 DMD에서 반사된 광 경로에 구비된 복수의 렌즈; 상기 복수의 렌즈 사이에 구비된 조리개; 상기 복수의 렌즈와 상기 조리개를 투과한 광을 집광하여 샘플에 조사하는 대물렌즈; 및 상기 DMD 및 상기 조리개를 제어하는 제어부를 포함하고, 상기 제어부는 변경된 블레이즈 컨디션(Modified Blaze condition)을 이용하여 상기 DMD를 정렬할 수 있다. 이에 의하면, 2차원 구조조명 현미경에서 3차원 구조조명 현미경으로 혹은 그 반대로 모드 전환 시 해당 블로커가 필요하거나 교체할 필요가 없이 전자적인 제어만으로 DMD를 정렬할 수 있고, 2차원 및 3차원 구조조명 현미경의 조사부를 단일 시스템으로 구성할 수 있다.