본 발명은 단일 세포 분석을 이용한 TCR-항원 특이성을 검출하는 방법에 대한 것으로, 항원을 표면에 제시하는 항원 제시 세포 및 TCR을 표면 발현하는 T-세포의 공동 배양을 통해 형성된 항원 제시 세포-T세포 복합체의 단일 세포 유전체 분석을 통하여 TCR-항원을 동시에 시퀀싱 함으로써 식별하는 것을 특징으로 한다. 본 발명의 방법을 이용하는 경우, 기존 TCR-항원 특이성을 검출기술 대비 비용 경제적이며, 고 처리량으로 TCR-항원 쌍 식별이 가능하다.