본 발명은 푸리에 타이코그래피 현미경 및 그 사용 방법을 개시한다. 상기 푸리에 타이코그래피 현미경은, 제1 입사광을 생성하는 제1 픽셀 및 상기 제2 입사광을 생성하는 제2 픽셀을 포함하는 조명 디스플레이, 상기 조명 디스플레이 상에 배치되고, 라이브 셀을 수용하는 시료 컨테이너로서, 상기 시료 컨테이너에 도달하는 상기 제1 입사광의 입사각과 상기 제2 입사광의 입사각은 서로 다른 투명 시료 컨테이너, 상기 시료 컨테이너 상에 배치되고, 상기 조명 디스플레이로부터 생성된 제1 광이 상기 시료 컨테이너를 투과하여 생성된 제2 광을 이미징 FOV(field of view)에 수신하여 제1 저해상도 이미지 및 제2 저해상도 이미지를 생성하되, 상기 제1 저해상도 이미지 및 상기 제2 저해상도 이미지는 각각 상기 제1 입사광 및 제2 입사광에 대응하는 광학계 및 상기 제1 저해상도 이미지 및 상기 제2 저해상도 이미지를 각각 주파수 영역에서 합성하고, 다시 공간 영역으로 역변환하여 고해상도 이미지를 생성하는 이미지 복원 모듈을 포함하되, 상기 이미지 복원 모듈은 상기 이미징 FOV를 복수의 ROI(region of interest)로 분할하고, 상기 복수의 ROI 별로 상기 제1 광의 조명각(illumination angle)을 측정하고, 상기 조명각에 따라 상기 복수의 ROI의 이미지를 복원한다.