본 명세서에서는, 개체로부터 분리된 생물학적 시료에 대하여 gDNA를 추출하는 단계, 추출된 gDNA에 바이설파이트(bisulfite, BS)를 처리하여 BS DNA를 획득하는 단계, 제 1 앰플리콘(amplicon)을 생성하도록 설계된 제 1 프라이머(primer), 제 1 앰플리콘과 상이한 크기를 가지는 제 2 앰플리콘을 생성하도록 설계된 제 2 프라이머, 제 1 앰플리콘의 DNA 서열 중 사이토신(cytosine)을 검출하는 제 1 프로브(probe), 사이토신과 동일한 위치의 티민(thymine)을 검출하는 제 2 프로브 및 사이토신을 포함하지 않는 제 3 프로브를 포함하는 키트를 이용하여, 추출된 gDNA 및 BS DNA를 증폭하는 단계, 증폭에 대한 Ct값을 기초로, 증폭된 gDNA 및 BS-DNA를 정량화하는 단계, 및 정량화된 gDNA 및 BS DNA을 기초로 변환 효율(conversion efficiency)을 산출하는 단계를 포함하는, 바이설파이트 변환 평가 방법을 제공한다.