본 발명은 심층 신경망 네트워크 모델 및 전이 학습을 이용하여 전자의무기록(Electronic Medical Record, EMR)으로부터 저밀도 지질단백질 콜레스테롤 예측 방법 및 예측 시스템에 관한 것으로, 본 발명의 저밀도 지질단백질 콜레스테롤 예측 방법 및 시스템은 EMR 시스템 서버와 DNN 시스템 서버를 분리하여, 기존 시스템 환경을 최대한 유지하면서, EMR 시스템 서버의 운영에 영향을 최소화하고, 시스템 관리자가 관리해야 할 시스템의 업무 부담을 최소화할 수 있는 장점이 있다. 또한, 본 발명의 저밀도 지질단백질 콜레스테롤 예측 방법 및 시스템은 심층 신경망 네트워크 모델뿐만 아니라 전이 학습을 적용하여 미세 조정함으로써 보다 정확한 저밀도 지질단백질 콜레스테롤 수치를 예측할 수 있다.