본 발명은 자성 나노입자 상에 연결된 트랜스페린 계열 단백질을 포함하는 세포외 소포체 또는 병원균의 분리 또는 농축용 나노구조체; 상기 나노구조체를 사용하여 세포외 소포체 또는 병원균을 분리 또는 농축하는 방법; 및 상기 나노구조체의 제조 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 나노구조체는 트랜스페린 계열 단백질을 포함하고 있으므로 트랜스페린 계열 단백질과 결합가능한 병원균 또는 세포외 소포체에 대해 선택성이 있을 뿐만 아니라, 합성한 나노구조체가 양성(+) 전하를 띄기 때문에 병원균과 세포외 소포체를 비롯하여 표면이 음성(-) 전하를 띄는 병원균과 세포에 결합할 수 있고, 이와 같이 여러 방식이 함께 작동하기 때문에 단시간에 우수한 효율로 병원균과 세포외 소포체를 분리 또는 농축할 수 있는 것이다. 아울러, 자성 나노입자를 포함하므로 자기장을 인가하면 자성에 의해 목적 물질을 다른 물질로부터 쉽고 간단하게 분리할 수 있다. 이에 고가의 항체를 사용하거나 복잡한 실험 절차와 정교한 장비가 필요하지 않고, 저가로 간단하고 손쉽게, 단시간에 우수한 효율로 세포외 소포체 또는 병원균을 분리 또는 농축할 수 있다.