본 발명은 PDX1, EN2 및/또는 MSX1의 유전자내(intragenic) 영역에서의 메틸화 수준을 측정함으로써 대장암을 진단하거나 이의 예후를 예측하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 대장암 환자에서 특이적으로 과메틸화되는 유전자내 CpG 영역을 발굴함으로써 대장암에 대한 신뢰도 높은 바이오 마커를 제공할 뿐 아니라, 발굴된 CpG 영역을 효율적으로 검출할 수 있는 최적화된 메틸화-특이적 PCR(MSP)용 프라이머를 제공한다. 이에, 본 발명은 대장암의 발병 여부 뿐 아니라 암 조직의 침윤 정도, 전이 가능성 및 환자의 생존율을 포함하는 종합적인 예후를 정확하게 예측함으로써 치료 전략을 조기에 수립하고 대장암 환자의 생존률을 현저히 향상시킬 수 있는 중요한 임상 정보를 제공할 수 있다.
