본 발명의 일 실시예에 따른 투명소재 복합박막 단층 영상 촬영 시스템은, 광원과, 상기 광원으로부터 조사된 광을 투명소재 복합박막 시료와 기준 거울에 조사하고 상기 시료로부터 반사 및 산란되는 광과 상기 기준 거울로부터 반사되는 광의 간섭 신호를 획득하는 광 조사부와, 상기 광 조사부에서 획득된 간섭 신호를 측정하는 광 측정부와, 상기 광원으로부터 출력되는 광을 상기 광 조사부에 전달하고, 상기 광 조사부로부터 전달되는 광의 간섭 신호를 상기 광 측정부로 전달하는 광 전달부, 및 상기 광 측정부에서 검출된 시료의 간섭 신호를 변환하여 단층 영상으로 출력하고, 상기 광 조사부에서 획득된 간섭 신호를 모니터링하여 상기 광 조사부로 입력되는 광의 세기와 편광 상태를 변조하도록 제어하는 신호처리장치를 포함한다.