본 명세서에서는, 개체로부터 분리된 생물학적 시료에 대하여 상층액을 분리하는 단계, 분리된 상층액 및 제 1 용액을 혼합하여 형성된 혼합액을 배양하는(incubation) 단계, 혼합액에서 세포외 소포체(extra cellular vesicles)를 분리하는 단계, 세포외 소포체에서 바이오마커을 추출하는 단계, 추출된 바이오마커의 발현 수준을 측정하는 단계, 측정된 바이오마커의 발현 수준이 미리 결정된 수준 이상인 경우, 호흡기 질병으로 결정하는 단계를 포함하는, 세포외 소포체를 통한 감염성 호흡기 질병 진단 방법을 제공한다.