본 발명은 의료행위 원가 산출 방법 및 시스템에 관한 것으로, 본 발명에 따른 방법은 복수의 원가중심점 - 복수의 원가중심점은 의료행위를 시행하여 수익을 발생시키는 수익발생 원가중심점과 수익발생 원가중심점을 지원하는 진료지원부서 원가중심점으로 구분됨 - 에 대해서 원가중심점별로 집계된 비용을 저장하는 단계, 진료지원부서 원가중심점의 비용을 수익발생 원가중심점에 분배하여 수익발생 원가중심점별 비용을 산출하는 단계, 수익발생 원가중심점별로 집계된 의료행위 종류별 빈도, 급여 수가 및 비급여 수가 정보를 저장하는 단계, 그리고 산출된 수익발생 원가중심점별 비용과 수익발생 원가중심점별로 집계된 의료행위 종류별 빈도, 급여 수가 및 비급여 수가 정보를 기초로 수익발생 원가중심점별 의료행위별 원가를 산출하는 단계를 포함한다. 본 발명에 의하면, 진료과목 간, 의료행위 유형 간의 편차를 최소화시키면서 비급여 행위에 대한 개별적 접근도 가능한 의료 행위별 원가 분석이 가능하다.