본 기술은 이종 메모리 장치를 포함하는 그래프 처리 시스템 및 그래프 처리 시스템의 동작방법에 관한 것으로서, 제1메모리장치, 및 제2메모리장치를 포함하는 그래프 처리 시스템의 동작방법에 있어서, 호스트로부터 입력된 그래프 데이터 중, 시작정점 인덱스와 도착정점 인덱스 및 시작정점과 도착정점 사이의 엣지값을 제1메모리장치에 저장하고, 시작정점 값을 제2메모리장치에 저장하는 저장단계; 제1메모리장치의 시작정점 인덱스를 참조하여 제2메모리장치 내에서 시작정점 값을 중간정점 값으로서 재배열하는 재배열단계; 제1메모리장치의 도착정점 인덱스 및 엣지값을 참조하여 제2메모리장치의 중간정점 값에 대해 그래프 연산을 수행하고, 연산결과로서 결정된 도착정점 값을 제2메모리장치에 저장하는 연산단계; 제2메모리장치 내에서 도착정점 값과 시작정점 값을 비교하여 그래프 처리동작의 완료여부를 판단하는 판단단계; 판단단계에서 그래프 처리동작이 완료되지 않은 경우, 제2메모리장치 내에서 도착정점 값을 새로운 시작정점 값으로 설정하는 설정단계; 및 판단단계에서 그래프 처리동작이 완료될 때까지 설정단계와 재배열단계와 연산단계 및 판단단계를 반복 수행하는 반복단계를 포함한다.