본 발명은 실용학적 임상시험 지원 시스템 및 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따른 방법은 시험 약물에 대한 임상시험을 위한 환자 선별 기준, 대조군에 투여되는 대조 약물 정보 및 대조 약물 투여에 대한 효능 평가를 위한 임상 변수 항목을 포함하는 임상시험 설계 조건을 입력받는 단계, 임상시험에 실제 참여하는 것으로 결정된, 시험 약물이 투여되는 임상시험 참여 시험군 및 대조 약물이 투여되는 임상시험 참여 대조군의 환자 정보를 입력받는 단계, 전자 의무 기록이 저장된 EMR 데이터베이스에서 임상시험 설계 조건을 만족하는 EMR 대조군 후보들을 추출하는 단계, EMR 대조군 후보와 임상시험 참여 대조군을 결합하여 구성하는 임상시험 대조군과 임상시험 참여 시험군 간의 공변량 분포 유사도가 미리 정해진 기준을 만족하도록 성향 점수 매칭을 통해 EMR 대조군 후보들 중 일부를 대조군 환자로 선별하는 단계를 포함한다. 본 발명은 무작위 배정 임상 시험에서 요구하는 대조군 환자 모집의 목표수를 줄이고, 실제 상황에서 수집한 검사 결과 데이터를 보강함으로써 유효성 검증 측면에서도 도움이 되며, 희귀 질환의 경우 대조군 환자를 모집하기 매우 어려운 상황에서 대조군을 비교 제시함으로써 품목허가를 위한 위험-이득 분석 시에 용이한 보강 자료로서 역할을 할 수 있는 장점이 있다.