본 발명은 자성 나노 물질을 이용한 자기 염색 장치에 관한 것이다. 본 발명은 케이스, 상기 케이스 내부에 위치하며, 자성 나노 물질(Magnetic Nano Particle)이 부착된 항체, 버퍼 용액 및 염색(Labelling) 대상이 되는 생체 조직이 보관되는 챔버, 상기 챔버의 하단에 배치되어 상기 챔버를 회전시킬 수 있는 회전모터, 상기 챔버에 인접하게 위치하여, 상기 챔버 내부에 자기장을 생성할 수 있는 자기장 형성부 및 상기 회전모터의 회전 각도와 상기 자기장 형성부의 자기장 세기를 조절할 수 있는 제어부를 포함하며, 상기 자기장 형성부에서 생성되는 자기장에 의해 상기 챔버 내부의 자성 나노 물질이 부착된 항체의 확산 속도를 향상시킬 수 있는 것을 특징으로 하는 자기 염색 장치를 제공한다. 상기와 같은 자기 염색 장치는 자성 나노 물질이 부착된 항체에 자기장을 걸어줌으로써 항체의 확산속도를 높일 수 있고, 결과적으로 항원-항체 반응을 이용한 염색 기법의 염색 효율을 높일 수 있다.