본 발명은 기후 변화 시나리오에 따른 수력발전소의 투자시기 결정방법 및 그 시스템에 관한 것으로, (a) 수력발전사업 선정 지역의 미리 예측되어 공개된 기후 시나리오별 유출량 데이터를 획득하는 단계; (b) 상기 유출량 데이터로부터 수력발전소의 시기별 현재 가치를 산출하는 단계; (c) 상기 유출량 데이터로부터 수력발전소 가치의 변동성을 산출하는 단계; (d) 수력발전소의 현재 가치 및 변동성을 바탕으로 투자 시기별 콜옵션값을 산출하는 단계; 및 (e) 상기 시기별 콜옵션값으로부터 수력발전소의 최적 투자시기를 결정하는 단계를 포함한다.이와 같은 본 발명은 기후 변화 시나리오에 따른 수력발전사업의 투자 전략을 제공하고, 실물 옵션 모델과 기후 변화 시나리오 데이터를 이용하여 수력발전사업의 경제성을 극대화하는 투자 시기를 결정할 수 있는 효율적인 방법 및 시스템을 제공한다.