본 발명은 간암(hepatocellular carcinoma, HCC) 발생 특이적 유전자 발현에 관여하는 유전자 구조 내 CpG 섬(intragenic CGI)의 메틸화 변이를 이용한 간암의 예측 또는 진단 방법에 관한 것이다. 보다 구체적으로, 본 발명은 간암 발생 과정에서 후성유전학적 변이에 관여하는 유전자 구조 내 CpG 섬(Intragenic CGI)의 DNA 메틸화 변이를 이용하여 간암의 예측 또는 진단을 가능하게 한다. 또한, 본 발명은 상기 간암 발생 과정에서 후성유전학적 변이에 관여하는 유전자 구조 내 CpG 섬의 DNA 메틸화 변이와 환자 그룹별 인종, 성별, 나이 및 바이러스와의 연관성을 바탕으로 환자 맞춤형 간암 치료를 가능하게 한다.