본 발명은 벼의 형질 또는 생물학적 경로와 연관된 유전자를 검색하고 이들을 순위매김하는 컴퓨터-독해가능한(computer-readable) 저장 매체를 이를 포함하는 시스템에 관한 것이다. 본 발명의 시스템은 Oryza sativa ssp. 자포니카 유전자에 대한 향상된 네트워크 우선순위결정 서버인 RiceNet v2 (http://www.inetbio.org/ricenet)에 관한 것으로서, 상기 서버는 상당히 많은 데이터를 포함하고 있으며, 기기 러닝 알고리즘(machine learing algorithm)이 향상되었고, 네트워크 분석방법을 포함한다. 본 발명의 향상된 네트워크 및 유전자 우선순위결정 방법은 37K 로 추정되는 벼 유전자의 기능에 대한 효과적인 가설 생성에 이용될 수 있다.