3차원 나노 스케일의 구조물 제작 장치 및 이를 이용한 3차원 나노 스케일 구조물 제조방법이 개시된다. 본 발명의 실시예에 따른 나노 구조물 제작장치는, 소스부재(110), 소스부재 고정부(120) 및 플라즈마 발생부(130)를 구비하고, 상기 소스부재(110)는 플라즈마 발생부(130)로부터 발생한 플라즈마(190)에 의해 스퍼터링되어 나노 입자를 발생하는 스퍼터링 소스부(100); 상기 스퍼터링 소스부(100)에 인접하여 장착되고, 스퍼터링된 나노 입자들(111)이 양전하를 띠도록 스퍼터링된 나노 입자들(111)에 플라즈마 또는 레이저를 조사하는 이온화 장치부(200); 상기 스퍼터링 소스부(100) 및 이온화 장치부(200)를 내부에 장착하고, 이온화 입자 배출구(411)를 구비하며, 상기 이온화 장치부(200)로부터 생성된 양전하를 띤 나노 입자들(112)을 상기 이온화 입자 배출구(411)로 배출시키는 스퍼터링 챔버(sputtering chamber, 410); 상기 이온화 입자 배출구(411)에 인접하여 연통되어 장착되고, 집속 입자 배출구(421)를 구비하며, 이온화된 입자들(112)을 이온 집속 렌즈(320)를 통해 집속하고, 상기 집속 입자 배출구(421)를 통해 집속된 입자(113)를 배출시키는 이온 제어 렌즈부(300); 및 상기 집속 입자 배출구(421)에 인접하여 위치하고, 집속된 입자들(113)을 끌어 당기는 음극판(520)을 구비하며, 집속된 입자들(113)을 기판(510)에 증착시키는 기판 증착부(500);를 포함한다.