본 발명은 마이크로 플로우 리액터(micro flow reactor)를 통하여 효소가 고정화된 알지네이트 비드를 제조하고 연속 흐름 반응기(continuous flow reactor)에서 상기 알지네이트 비드와 라세미 화합물을 반응시키는 단계를 포함하는 라세미 화합물의 분할 방법에 관한 것이다. 본 발명에 의하면 마이크로 비드에 효소를 고정시킴으로써 효소의 사용을 줄이면서 반응 효율을 높이고 반응이 끝난 후 별도의 효소 분리 작업이 필요하지 않아 후처리 과정이 없어 용매의 사용량을 줄일 수 있는 이점이 있다. 또한 마이크로 플로우 리액터를 이용한 효소의 연속 반응 공정으로 배치 반응과 비교하여 볼 때 이산화탄소의 높은 전환율을 보여준다.