본 발명에 따른 의료정보시스템의 애플리케이션 업데이트 방법에 있어서, 상기 애플리케이션은 복수 개의 업무 모듈들로 이루어지고, 클라이언트 PC에 현재 설치된 애플리케이션의 버전과, 업무 모듈 별로 업데이트 파일을 저장하는 애플리케이션 서버에 저장된 버전 정보를 비교하는 단계; 상기 비교 결과 버전이 일치하지 않으면, 상기 애플리케이션 서버로부터 업무 모듈의 업데이트 파일을 다운로드하는 단계; 및 상기 다운로드된 업데이트 파일을 이용하여 해당 업무 모듈을 업데이트하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 한다.