본 발명은 심혈관 질환의 진단용 키트 및 심혈관 질환의 진단방법에 관한 것이다. 본 발명자들은 다중 불포화지방산(polyunsaturated fatty acid, PUFA) 대사과정의 핵심 효소인 FADS1(fatty acid desaturase 1) 유전자 부근의 특정 SNP가 심혈관 질환의 위험도와 관계된 다양한 위험인자와 일관된 상관관계에 있어 이를 심혈관 질환에 대한 유전자 진단마커로 사용할 수 있음을 발견하였다. 따라서 본 발명은 관상동맥 질환을 비롯한 다양한 심혈관 질환에 대한 간편하고 신뢰성 높은 체외진단 시스템에 유용하게 이용될 수 있다.