본 발명은 기판 표면에 렌즈 재료인 광학 폴리머를 일정 두께로 도포하는 단계와, 몰드부재를 광학 폴리머에 가압하여 기판 표면에 광학 영역인 복수의 렌즈부들을 성형하는 단계와, 비광학 영역인 잔류층에 자외선 차단막을 덮어주고, 몰드부재를 통해 자외선을 조사하여 상기 렌즈부들만 경화시키는 단계와, 몰드부재를 기판에서 분리한 후 세척하여 경화되지 않은 잔류층을 제거하여 기판의 상면에 각각 독립적으로 일정 간격을 두고 복수의 렌즈부가 배열되는 단계로 구성되어, 기판의 휨이나 파손을 방지할 수 있고, 몰드부재의 이형력을 최소화할 수 있는 웨이퍼스케일 렌즈 어레이 및 그 제조방법을 제공한다.