본 발명은 이차원적 전기영동장치로부터 비롯된 단백질에 대한 특정 지리적 위치 및 양적정보와 단백질이 가지고 있는 임상적 정보 및 질환정보와의 관계 분석을 통해 산출된 질환 특이적인 프로테옴(단백질군) 데이터베이스를 구축하는 입력 방법 및 그리고 분석방법에 관한 것으로서, 특히 이차원적 전기영동장치로부터 산출된 단백질군(Proteome)의 특정 질환과의 관련여부를 추출하는 것이 적합하도록 실제 샘플 및 실험에서의 모든 데이터를 종합적으로 입력, 관리하고 분석하게 만들어 프로테옴 데이터베이스를 구축하는 전자화된 실험과정의 프로테옴 데이터베이스 구축장치 및 방법, 그리고 그 분석방법에 관한 것이다.